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棉籽經過剝殼機分離，棉仁用于榨油，剩下的外殼就是棉籽殼，也稱棉皮。根據剝殼機械的類型不同、棉花籽品種不同、產地不同、含水量不同、剝殼后碎棉仁粉過篩程度不同等。加工出來的棉籽殼的大小、顏色、棉絨長度、營養成份（含棉仁粉）也不一樣。 棉籽殼主要用于：養殖用菌、作為飼料、飼養牲畜等。 籽棉經過軋花機加工去除棉籽而得到皮棉，棉籽經過削絨機加工得到一道、二道、三道等短絨。削絨次數越多棉籽殘留棉絨就越少此時棉籽稱“光籽”反之殘留棉絨多的稱“毛籽”。光籽產的棉殼大都是小（少）絨殼或“鐵殼”鐵殼棉仁粉少的棉殼纖維素含量少而適用于栽培木腐菌；絨多棉仁粉多的棉殼纖維素含量多而適用于栽培草腐菌。棉籽殼被稱為用菌的培養基。 棉籽殼行內通常分為大、中、小殼或以棉絨量大小而分為大絨殼、中絨殼、小絨殼、絨極少的甚至稱為“鐵殼”。含絨量的取決于原料棉籽脫短絨時而定，如棉短絨行情價高暢銷，廠商便會盡量多削去短絨。食用菌栽培中棉殼的大小就產量而言沒有太大的差別。因為很多油廠產出大殼后加以粉碎便成了小殼以適應栽培要求。主要反映在食用菌栽培過程中會有裝袋密度大小的技術性要求：小殼裝袋密度太大會出現發菌通氣不良；而大殼裝袋時亦易使栽培袋破損。 在原料棉籽正常含水量同等時棉殼的顏色通常能看出棉殼質地好壞：如顏色發白（水分低呈干枯樣，絨極少，）、手握緊有刺痛感、無或只有極少量碎棉仁粉是由于追求高生產效率而使用的刀片式剝殼機（或加工脫酚棉蛋白時）破殼時棉仁粉碎率很低，至使含粉量低，當然影響顏色還有棉籽加工時的溫度、工藝、過篩、以及破殼后存放的水份有關。此類棉殼西北部產量較多，新型機器加工的大型油廠基本都是。這種棉殼營養成份含量差、價格低，適合種植木腐菌類。反之顏色呈正常白色、棕褐、黃色，（非棉籽水分高堆存時“燒壞”漚壞的黃色而是由于油粉多導致的黃色）等手握有棉絨軟感、油膩感、碎棉仁粉多、用水適量搓洗水呈米湯色、乳白色等濃稠狀，無不正常的漚壞味，（說明棉殼營養成份含量極高，相應出油量就低！通常是老式（磨盤、圓盤剝殼機)機器生產，此種棉殼長江流域、河北省等產區或老油廠較多。價格普遍較高，適合種植草腐菌或要求營養成份高的菌類。由于棉籽殼市場極不規范，購賣者需注意油廠有自備脫絨機和無脫絨設備兩種：有脫絨設備的油廠生產過程中長時間會集中產生大量短絨下腳料和灰塵摻拌至棉殼中（雖然對棉殼營養成分沒影響，現有廠粉碎后摻入，稍好），短絨灰塵和下腳料纖維極細容易揉集成面包肉松團狀且大塊，食用菌栽培拌料容易造成混合不均勻。更有甚者短斤少兩、摻雜泥沙，出殼口噴霧增加重量。
